Servicios de Secuenciación de Nueva Generación para la obtención de SNPs

La secuenciación de nueva generación (NGS) por sus siglas en inglés, es un grupo de tecnologías diseñadas para secuenciar gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo poder optimizar tiempo y dinero. Sus inicios se dieron debido para detectar polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) y cada vez se han desarrollado mas y más variantes de estos análisis como inserciones, deleciones y grandes re-arreglos (Rubio et al., 2020).
Conforme avanzan las ciencias óhmicas (genómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica) estas herramientas son cada vez más prometedoras para mejorar la vida de las personas. Pueden poseer gran utilidad para la prevención, el diagnóstico, el tratamiento y el seguimiento de un amplio espectro de enfermedades, incluidas condiciones genéticas, patologías crónicas y enfermedades infecciosas. (Rubio et al., 2020)
También sirven para hacer caracterización de genes, análisis de comunidades microbianas (metagenómica) y como se mencionó anteriormente la búsqueda de SNPs. Estos últimos, solo para entender algo muy simple que significa "cortar". Este es realmente un concepto simple. Se refiere a los lugares en el genoma donde las personas son diferentes en un lugar específico. Aproximadamente en una de cada 1.000 letras del código genético se encuentra uno de estos lugares. En éste, una persona puede tener una C y otra puede tener una T. Esto es lo que se llama un SNP. La mayoría de los SNPs no tienen mucho significado, porque están en una parte del genoma que no tiene una función crítica. Sin embargo, algunos de ellos confieren un riesgo para una enfermedad como por ejemplo la diabetes o enfermedades cardiacas. Esos son de gran interés, debido a que aportan datos acerca de por qué suceden esas enfermedades (Polimorfismos de Nucleótido Único (SNPs) | NHGRI, 2021).

Servicios NGS Eurofins

Ahora se usan marcas y tecnologías como Illumina HiSeq 2500/MiSeq, se usa PacBIO RSII, Roche GS FLXy secuenciación de exomas con IonProton. Ofrecemos diferentes tecnologías de genotipado en función de la aplicación y la especie, el propósito del análisis, el número de SNPs por muestra y el número de muestras en el estudio. Entre las opciones figuraban las siguientes (Eurofins Genomics - Genomic Services by Experts, 2021):

1. Para el genotipado SNP de todo el genoma, por ejemplo, estudios de población, estudios de asociación, selección genómica, incluido el análisis de 3k-3000k, recomendamos y ofrecemos Illumina BeadChips, Affymetrix GeneChips o Next Generation Sequencing.
2. Para el genotipado SNP en toda la red genética, por ejemplo, el mapeo fino o el haplotyping de regiones candidatas, incluido el análisis de <500 SNPs, recomendamos Fluidigm Biomark, NGS o tecnologías basadas en matrices.
3. Para el análisis de SNPs individuales, por ejemplo, determinación de mutaciones específicas en phamacogenetics o diagnósticos con un pequeño número de SNPs incluidos, ofrecemos ensayos de PCR en tiempo real, secuenciación de Sanger y las tecnologías mencionadas anteriormente.

Además de emplear muchas técnicas moleculares como qPCR, se analiza la expresión de genes, epigenética y ensayos bioinformáticos.

Illumina Arrays - procesamiento y análisis de datos de productos Illumina BeadChip

La tecnología Illumina BeadArray permite ampliar la cobertura genómica para técnicas de microarrays como:

1. Genotipado del genoma completo
2. Detección de grandes cambios estructurales en el ADN
3. Genotipado dirigido
4. Análisis CNV
5. Expresión génica
6. Análisis de metilación del ADN.

Bioinformática y Control de calidad

Asignación de lecturas de secuenciación a cualquier secuencia de referencia o base de datos
Análisis del exoma

1. Mapeo de los datos de secuenciación del exoma a la referencia del genoma humano
2. Detección de InDel y SNP
3. Anotación de variantes y notificación de estadísticas de enriquecimiento

Análisis del transcriptoma

1. Perfiles de expresión génica que informan recuentos de lectura basados en genes
2. Análisis de expresión diferencial utilizando software estadístico. Notificación de cambios de pliegues y valores P

Ensamblaje de novo

1. Ensamblaje del genoma de novo
2. Montaje de construcciones de inserción grandes, por ejemplo, BACs
3. Montaje de transcriptoma de novo para obtener transcripciones a tamaño completo

Análisis de metagenomas

1. Análisis de metagenomas basados en ARNr 16S o ITS
2. Asignación taxonómica y estimación leída de la abundancia para todas las OTUs
3. Estimación normalizada de la abundancia de OTUs bacterianas y arqueas

Referencias

Eurofins Genomics - Genomic services by experts. (2021). Retrieved June 24, 2021, from https://eurofinsgenomics.eu/ 
Polimorfismos de nucleótido único (SNPs) | NHGRI. (2021). Retrieved June 24, 2021, from https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Polimorfismos-de-nucleotido-único 
Rubio, S., Pacheco-Orozco, R. A., Gómez, A. M., Perdomo, S., & García-Robles, R. (2020). Secuenciación de nueva generación (NGS) de ADN: presente y futuro en la práctica clínica. Universitas Médica, 61(2). https://doi.org/10.11144/javeriana.umed61-2.sngs