Validación genómica de alta resolución: el estándar NGS en el control de bioprocesos

La secuenciación de genoma completo (WGS) mediante NGS permite identificar microorganismos a nivel de cepa con alta precisión, diferenciando fuentes de contaminación, optimizando la liberación de lotes y fortaleciendo la toma de decisiones regulatorias y operativas en bioprocesos y dispositivos médicos.

En la manufactura de productos biológicos y dispositivos médicos, la resolución taxonómica convencional (basada en fenotipificación o secuenciación parcial 16S/ITS) suele ser insuficiente para la discriminación de cepas a nivel subespecífico. La implementación de la Secuenciación del Genoma Completo (WGS) mediante plataformas de Secuenciación de Nueva Generación (NGS) permite un análisis filogenómico basado en polimorfismos de nucleótido único (SNP), proporcionando una trazabilidad absoluta de aislados ambientales. Esta capacidad técnica es crítica para distinguir entre eventos de contaminación transitoria y la presencia de “cepas de casa” o residentes que han colonizado nichos críticos en la línea de producción.

Métricas de calidad y profundidad bioinformática en el análisis de aislados

Para que un análisis genómico posea validez técnica en la toma de decisiones críticas de liberación de lotes, el flujo de trabajo debe cumplir con estándares de rigor científico superiores:

• Calidad de lectura (Q30): Se exige que al menos el 80% de las bases secuenciadas posean un puntaje Phred ≥ 30, garantizando una precisión en el llamado de bases del 99.9%.
• Profundidad de cobertura (Coverage): Para la caracterización de bacterias y microbios en matrices complejas, se requieren niveles de cobertura >50x, asegurando la detección de variantes minoritarias o plásmidos de resistencia.
• Ensamblaje de novo: Esta técnica permite reconstruir el genoma sin sesgos de referencia, facilitando la identificación de islas de patogenicidad o genes de virulencia que impactan directamente en la biocompatibilidad del dispositivo médico.

Análisis de causa raíz y mitigación de riesgos en la planta

El valor operativo del WGS radica en su capacidad para actuar como una herramienta de auditoría forense para los jefes de calidad y gerentes de planta. Al mapear genéticamente los puntos críticos de control, el departamento técnico puede:

1. Diferenciar fuentes de contaminación: Determinar con precisión si un hallazgo proviene de una materia prima específica o de una falla en los sistemas de filtración y aire (HVAC).
2. Validar protocolos de sanitización: Evaluar si la microbiota persistente presenta genes de resistencia a desinfectantes industriales específicos, permitiendo un ajuste basado en datos y no en suposiciones.
3. Reducir el tiempo de respuesta (Lead Time): La identificación definitiva a nivel de cepa evita detenciones prolongadas de la producción y limpiezas generales ciegas, optimizando la continuidad operativa.

Soporte post-análisis y autoridad científica

La transición hacia la inteligencia genómica permite a las organizaciones generar contenido de autoridad y bien documentado para sus expedientes de calidad. Contar con reportes técnicos que incluyan límites de detección (LOD) validados y análisis de variantes genéticas proporciona una defensa robusta ante auditorías técnicas rápidas y aumenta la credibilidad ante socios internacionales. Este enfoque proactivo asegura que la seguridad del producto no solo se cumpla, sino que se demuestre mediante la evidencia científica más avanzada disponible.

En Eurofins (TSI Group) ofrecemos soluciones genómicas avanzadas basadas en Secuenciación de Nueva Generación (NGS) y Genoma Completo (WGS) para la identificación de microorganismos a nivel de cepa en bioprocesos y manufactura de dispositivos médicos. Nuestros análisis permiten una trazabilidad precisa de aislados, la diferenciación de fuentes de contaminación y el soporte técnico para la liberación segura de lotes y auditorías regulatorias.

Nuestro equipo técnico está listo para acompañar a su empresa en la gestión del riesgo microbiológico con herramientas de máxima resolución analítica. Para más información, escríbenos a Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo. y con gusto atenderemos tus dudas.

Referencias

Eurofins Viracor. (2025). NeXGen™ Fungal / AFB NGS testing. https://www.eurofins-viracor.com/our-testing/nexgen-fungal-afb-ngs/ 

European Union Reference Laboratories Working Group on NGS. (2025). Benchmarking of next generation sequencing quality metrics and standards. https://sitesv2.anses.fr/en/system/files/NGS%20EURL%20WG%20-%20Del5%20-%20Benchmarking.pdf 

Kreuzer, K., & MacCannell, D. (2021). Whole genome sequencing in clinical and public health microbiology. Journal of Clinical Microbiology. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4389090/ 

Nadon, C., et al. (2021). Status and potential of bacterial genomics for public health practice: A scoping review. Implementation Science. https://implementationscience.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13012-019-0930-2